TABLE 1.

Primers used in this study

PrimerSequence (5′ to 3′)
501-5′ATGTAAGCTTAGGACGCTCTCGATCCAGTAAG
501-3′ATGTGAGCTCCCAGTTGTCTCTTCCTAACGGC
502-5′ATGTAAGCTTAAGAGAACGGAAACCGATGACG
502-3′ATGTGAGCTCTTGCTTTCTCTCGATCACCACG
LRRP1-1ATTCGAGAGAGGATGCGACTGGCAC
LRRP1-2TCTGGAGGTGCTGGACATTGGAGGA
1000-5′ATGTAAGCTTACCGCGAATGATAGAGAGGAAC
1000-3′ATGTGAGCTCCTTGCGACTGTTCCACAGAGAC
1001-5′ATGTAAGCTTTGCGATTTGTATCGGAACGAGG
1001-3′ATGTGAGCTCCGCTATGTTCTTTGGCACGTGG
1002-5′ATGTAAGCTTCGTATTTCTCCGTTCGGGTATC
1002-3′ATGTGAGCTCAAGCGAGAGCTGATGCAAAGTG
D3PGDH-5′ATGTAAGCTTTGGGATCGGCTGTTTCTGCATC
D3PGDH-3′ATGTGAGCTCTGCAGCTCCTTGTTCGACCCAG
2AEPAT-5′ATGTAAGCTTATCAGTGCCTTTGGCGGTATCC
2AEPAT-3′ATGTGAGCTCGTCAATGCCCATGGATTTGAGC
L952.4-5′ATGTAAGCTTGAGGCCAACCGTCGTGTATGAC
L952.4-3′ATGTGAGCTCAAGATCAGCAATGCGGACGAAC
U2AF23-5′ATGTAAGCTTCATTGACTGTGCGACACTTCAC
U2AF23-3′ATGTGAGCTCACTGCTCCTTCTCCAGCTTCTC
L6202.3-5′ATGTAAGCTTGCGCCCTTCAAGTATTATACGC
L6202.3-3′ATGTGAGCTCCTCCACAGAGAGCAGACAAGGC
L6910.7-5′ATGTAAGCTTACTCCACTACAATGCACTGTGC
L6910.7-3′ATGTGAGCTCTAGAACGGTGATAATTCAACGG
2-int.L6910.7/L6290.1-5′ATGTAAGCTTTGTTGTTGGTTTCGCTTTGCTC
2-int.L6910.7/L6290.1-3′ATGTGAGCTCGATCGGCATTTGTGTAGGCATG
L6290.1-5′ATGTAAGCTTTAACCGCGCCTGAGGTGTACTC
L6290.1-5′ATGTGAGCTCTTCCATTCTTCAGCGCCGTAAC
int.L6290.1/tRNA-5′ATGTAAGCTTGGTGTGGACACGCTGACGAAAG
int.L6290.1/tRNA-3′ATGTGAGCTCCGGCGTAATGTCAACGAAGACC
tRNA-Lys-5′ATGTAAGCTTTGCCTACGGCTTTGTCCAGGAG
tRNA-Lys-3′ATGTGAGCTCTTCAACACCCTCCCACCCACAG
HEL2-5′ATGTAAGCTTGTGGCGGAAGAAGACGATGTGG
HEL2-3′ATGTGAGCTCCTTCGACGCCACCGTTGAGATC
L505.2-5′ATGTAAGCTTTGTCTGACGGCACCGTCGATTG
L505.2-3′ATGTGAGCTCGGGCGCATCACTGGATGATTGG
L7234.2-5′ATGTAAGCTTTCCATCGACGACGAGCTTGTAC
L7234.2-3′ATGTGAGCTCGTGGACGCCCTTCTCACCTATG
MCO1-5′ATGTAAGCTTAGCGACATGTTTATGTAGCACG
MCO1-3′ATGTGAGCTCTGTCTTGACGCTAGTGAACGAC
EIF-2a-5′TCCTTCAGCTCTGTATTAGTCCG
EIF-2a-3′CAATAACGAGCGTCCAGAGTGGA
2001-5′ATGTGAATTCTTATTGCTACCCTTCGTCTCAC
2001-3′ATGTGCATGCGCCAATTTCAACTGTTCAAGTC
2002-5′ATGTGAATTCACCGTGGCACGAACAATAAACG
2002-3′ATGTGCATGCGACAAGCTTCCGCTCAGCAGAC
2003-5′ATGTGAATTCGTCGTCGCAGTTTGTTCTCCTG
2003-3′ATGTGCATGCCGCACTCCTATGGGTTAACGTG
tRNA cluster-5′GAAGGACAGACAGTTGGGACCA
tRNA cluster-3′TACCAGGTTCAGGTGGGAGGAA
LRRP1-RT′CAGATGTAGTGGTCGCAGTGATTG
LRRP1-nestedGCACGTGTATCGGTCGTCAAGATT
LRRP1-nested 2TCTGGTTGTGCTTGCAATCGTC
LRRP1-nested 3TTGTCACAGTCCTGTGTGCGAGGT
L952.3-nested 1AAGCGATTGAAACGGATCAAA
L952.3-nested 2AGGACAGAAGGATACACCAGATGC
L952.3-nested 3AACAGTGCCTGCGCACCACATCT
L952.3-nested 4GGATAGTAGTGGCACGACCTTT
MiniexonAACGCTATATAAGTATCAGTT
D3PGDH-nested 3CTGTCAGGTGACAGAGATGATG
D3PGDH-nested 4GCGACACCTTTCGTAAGTACTT
D3PGDH-nested 5ACTTGAGCCAACAATCACCTCC
EIF-2a-RTTGCGGCCTACCTTGATTAGCTTTC
EIF-2a-nestedTCACCTCCGTGTACGGAATAATGC
EIF-2a-21CAGAGCAGAAGCGACACACCATT
Nested(dT)CCTCTGAAGGTTCACGGATCCACATCTAGA(T)18VN
B1CCTCTGAAGGTTCACGGAT
B2CACGGATCCACATCTAGAT
L6290.1-PA-1GTTACGGCGCTGAAGAATGGAA
L6290.1-PA-2CAGTGCCTGATGAACATCGATG
HEL2-PA-1CGGCTGCTGTCGAACATATCA
HEL2-PA-2GGAGGAGGACCTCAAATTCTAC
tRNA-Bam-5′ATGTGGATCCTGCCTACGGCTTTGTCCAGGAG
tRNA-Bam-3′ATGTGGATCCTTCAACACCCTCCCACCCACAG
72-Bam-5′ATGTGGATCCCAACGTCGTCACAACGTACAGC
72-Bam-3′ATGTGGATCCTGGTGAATGTAGCAGCGACACG
tRNA-dTTTT-5′CGATCCCCACGGAGTGCGCCCCCCTTGGCTGCGCCAAGCC
tRNA-dTTTT-3′GGCTTGGCGCAGCCAAGGGGGGCGCACTCCGTGGGGATCG
chr3-tss2-5′ACACAAGCACGGGAGCTGCGGTGA
tRNA-5′ endTTGCGAAGCATTCCTAGCTCAGT